يتم عادةً إجراء تحليل نقاء الببتيد باستخدام -تحليل كروماتوجرافي سائل عالي الأداء (HPLC). الهدف الأساسي من تحليل قياس الطيف الكتلي هو تأكيد الوزن الجزيئي؛ حاليًا، التقنيات الرئيسية المستخدمة لتحليل الببتيد هي Electrospray التأين الكتلي (ESI-MS) وMatrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry (MALDI-MS).
يكشف تحليل تركيبة الأحماض الأمينية عن أنواع وكميات الأحماض الأمينية الموجودة في الببتيد، في حين أن المبدأ الأساسي الذي يقوم عليه تحليل تسلسل الأحماض الأمينية هو تحلل إدمان.
تتضمن طرق التعرف على الهياكل الثانوية الببتيدية ثنائية اللون الدائرية (CD)، والرنين المغناطيسي النووي (NMR)، وحيود الأشعة السينية، من بين طرق أخرى.
أثناء عملية تركيب الطور-الصلب، قد يتم إنشاء شوائب مختلفة-مثل تسلسلات الحذف، وتسلسلات الإدراج، والببتيدات المقترنة الخاطئة-، والببتيدات المكررة، والببتيدات المؤكسدة-. عادةً ما يتم تحديد هذه الشوائب المرتبطة بالببتيد- باستخدام تحليل كروماتوجرافي سائل -قياس الطيف الكتلي الترادفي (LC/MS/MS)؛ يتيح LC-MS التحديد الدقيق لكتلة الببتيد، بينما يتم استخدام MS/MS لتوضيح تسلسله. بالإضافة إلى ذلك، يمكن استخدام تقنيات HPLC الكروماتوغرافية لتحقيق الفصل والكشف الفعال.
في -تركيب الببتيد الصلب، يتم تقييم كفاءة الاقتران بشكل أساسي عن طريق اكتشاف وجود مجموعات أمينية حرة في الراتنج؛ تُعرف طريقة الكشف هذه باسم اختبار كايزر (أو اختبار نينهيدرين). في حالة وجود مجموعات أمينية مجانية، يتطور لون أزرق أو بني محمر-.