تتضمن طرق التخليق الكيميائي للببتيدات -مرحلة تصنيع الببتيد في المحلول وتركيب -المرحلة الصلبة من الببتيد. الحل-مرحلة تخليق الببتيد تتضمن اقتران الأحماض الأمينية في المحلول؛ وعادةً ما يستمر في الاتجاه الطرفي C- إلى الاتجاه الطرفي N- ويكون مناسبًا لتخليق الببتيدات القصيرة (على سبيل المثال، تلك التي تحتوي على أقل من 10 أحماض أمينية). تشتمل إستراتيجيات الحماية شائعة الاستخدام على طرق BOC (ثالثي-بيوتيلوكسي كربونيل) وZ (بنزيلوكسي كربونيل). يوفر هذا الأسلوب مزايا مثل انخفاض التكلفة وسهولة التوسع-، على الرغم من أنه يتطلب تنقية المنتجات الوسيطة. كواشف الاقتران الأولية المستخدمة هي من نوع الكاربوديميد (على سبيل المثال، DCC)؛ ومع ذلك، فإن هذه قد تحفز ردود الفعل الجانبية للسباق، والتي يمكن قمعها من خلال إضافة مواد مضافة مثل HOBt.
يتضمن المبدأ الأساسي لتخليق الببتيد في الطور الصلب- تثبيت الحمض الأميني الطرفي C- من سلسلة الببتيد على دعامة صلبة (مثل الراتنج). يتم بعد ذلك تمديد سلسلة الببتيد تدريجيًا من خلال سلسلة من الخطوات المتكررة التي تتضمن إزالة الحماية والتنشيط والاقتران؛ ينطلق اتجاه التوليف بشكل عام من النهاية C- إلى النهاية N-. استراتيجيات الحماية الرئيسية المستخدمة هي طرق BOC (tert-butyloxycarbonyl) وFmoc (9-fluorenylmethyloxycarbonyl)، مع ظهور طريقة Fmoc باعتبارها النهج السائد بسبب ظروف التفاعل المعتدلة. تشتمل كواشف الاقتران شائعة الاستخدام على كواشف من النوع -carbodiimide (على سبيل المثال، DCC) وأملاح الأونيوم (على سبيل المثال، HBTU). بعد التوليف، يجب أن يتم شق الببتيد-عادةً باستخدام الكواشف مثل TFA أو HF-لإزالته من دعامة الراتنج.
يعتمد اختيار طريقة تصنيع الببتيد على طول سلسلة الببتيد والخصائص المحددة لتسلسلها: يوفر تركيب الطور الصلب- كفاءة عالية وقابل للتشغيل الآلي بسهولة، مما يجعله -مناسبًا تمامًا لتخليق الببتيدات متوسطة الطول- (على سبيل المثال، حوالي 30 حمضًا أمينيًا)؛ على العكس من ذلك، يعتبر تركيب طور المحلول - مناسبًا بشكل أفضل لإنتاج الببتيدات القصيرة. بالنسبة للببتيدات "الصعبة"-مثل التسلسلات المعرضة للتجميع أو تلك التي تحتوي على أحماض أمينية متخصصة-يمكن استخدام إستراتيجيات بديلة، مثل طريقة pseudoproline أو *ortho*-hydroxybenzyl-طرق حماية من النوع.